水熊虫的天敌主要包括线虫、其他缓步动物、螨类、蜘蛛、弹尾目和昆虫的幼体等。水熊虫虽然适应各种极端环境，包括真空条件下的存活能力，但其生理构造主要由蛋白质组成，生理活动依赖于各种酶的调节，因此高温等条件可能对其生理功能产生破坏，最终导致死亡。
水熊虫虽然面临这些天敌的威胁，但其强大的生命力和适应力使其在自然环境中能够存活并繁殖。水熊虫的生存能力令人惊叹，它们能够进入一种名为“干旱耐受型”状态，在严苛条件下暂时停止代谢，等待环境恢复适宜再重新活跃。这种耐受力使水熊虫成为生态系统中不可或缺的一部分，即使有天敌存在，它们仍能在环境挑战下生存下来。
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